補助金と助成金の違いを徹底解説！会計・税務上の正しい処理方法を税理士が教えます！

「補助金と助成金って、よく聞くけれど違いがよく分からない」
「会計処理や税金のことも気になるけど、どこから手をつけたらいいのか…」

そう思っている小規模法人や個人事業主の方も多いのではないでしょうか？

確かに、補助金も助成金も「もらえるお金」という意味では似ています。
しかし、実は制度の背景や申請方法、そして経理・税務上の取り扱いには、はっきりとした違いがあります。

この違いを理解しておかないと、「使える制度を見逃してしまう」「税務調査でトラブルになる」「決算や確定申告の際に混乱する」といったリスクが出てきます。

本記事では、税理士の視点から、補助金と助成金の違いを明確に解説した上で、
実際の会計処理や税務上の注意点、仕訳例まで丁寧にご紹介します。

読み終えるころには、あなたの事業でもどんな制度が使えそうか、そしてどう処理すればいいかがすっきり分かるはずです。ぜひ最後までご覧ください。

補助金と助成金の違いとは

補助金は主に経済産業省や中小企業庁・自治体が実施し、中小企業の設備投資や生産性向上など経済活性化が目的です。
一方、助成金は主に厚生労働省が管轄し、雇用対策・人材育成・労働環境改善が目的となります

補助金は公募形式で、審査によって採択が決まるため、申請しても落ちるケースがあります。
一方助成金は、要件を満たせば原則支給される制度が多く、採択率が高いのが特徴です。

補助金は数百万円〜数千万円と高額になることが多く、一定期間・募集期間が限定されます。
対して助成金は数十万円〜百万円程度で、通年で申請できる制度も多い傾向です。

最近ではコロナ禍に出た事業再構築補助金などは限度額が1億円以上となっておりました。（中堅企業クラス）

受け取った補助金・助成金は、「雑収入」として営業外収益に計上するのが通常です。支給決定後、入金が決算期をまたいでいる場合は、一度「未収入金」で計上しておいて、翌期の入金時に消し込みます。

個人事業主が事業と関連しない給付金を受け取った場合、「事業主借」で処理することもあります。（コロナ禍に一律10万円支給された特別定額給付金なんかがそうでした。）

補助金・助成金は精算払い（後払い）が原則で、事務処理の都合上、数ヶ月〜1年以上遅れて入金されることもあります。そのため、決算期を跨ぐことがあり、未収金計上の有無が重要です 。

ここを入金時に収益計上という会計処理を行ってしまいますと「期ズレ」という扱いになってしまい、税務調査で収益の計上漏れと判断されてしまいますので注意しましょう！

受給した補助金・助成金は、法人税／所得税の課税対象（益金）となります。
ただし、一部非課税の制度（例：生活保護給付金）は除かれます。

補助金・助成金は、物の提供やサービスとの対価ではないため、消費税は不課税（消費税がかからない）という扱いになります。

大抵の場合、会計ソフトは雑収入の科目は消費税のデフォルトの扱いが課税売上なので注意が必要です。（補助科目に「補助金・助成金」を作って、その場合には消費税を対象外に設定しておくのも良いですね。）

設備取得のための補助金を受けた場合、圧縮記帳制度を利用して、受給額分を圧縮損として処理可能です。これにより、資産の帳簿価額を圧縮し、初年度の課税所得を抑えることができ、税負担を緩和できます。

この辺の処理は正直、税理士がついていないと苦しいかと思います。事前に税理士に相談するのが良いと思われます。

機械装置を1,500万円で取得し、補助金500万円を受給した場合：

目的外使用の禁止：
当たり前の話かもしれませんが、申請要件で定められた使途以外に流用すると、返還を求められる可能性があります。
総額主義で記帳：
補助金使用分だけ、費用と収益を相殺せず、必ず純額で計上すること（総額主義）が上げられます。
決算期と収益処理のズレ調整：
税務上の特例で、費用と確定義務がずれた場合も、費用と収益を同一年度で相殺できるケースがあります。（法人税上の原則として費用収益対応の原則があるためです。）